Hvis Danmark går med i enhedspatentet, vil vi blive underlagt en ny domstol, som hverken er underlagt dansk lov eller EU-regler. Den får hovedsæde i Paris og et kontor i Ljubljana, som kan f.eks. kan beordre ransagninger i bygninger i Danmark. Dommerne i patentdomstolen udpeges af udvalg, der bemandes med patentdommere og patentagenter. Der er ingen instanser højere end patentdomstolen, modsat USA hvor højesteret i vigtige sager ændrer praksis for hvad der kan patenteres.